Las mucosas, membranas de los tractos digestivos y respiratorios también están bien defendidas. Al secretar el moco que contiene enzimas antibacterianas o al atrapar microbios que entran por la nariz o boca.
Los cilios que se encuentran sobre las membranas barren el moco con todo y microbios, hasta que es eliminado del cuerpo mediante la tos, el estornudo o es tragado.
Si los microbios son tragados entran al estómago donde son destruidos por el ácido presente. Si pasan al intestino las bacterias presentes en él evitan que otras se alojen al segregar sustancias que las destruyen.